Fin des stages!

Les stages sont terminés depuis la semaine passée, soit le 17 juin.

Merci aux étudiants qui ont répondu à l’appel avec enthousiasme.

Et merci également à tous ceux et celles qui ont pris le temps de déposer leurs commentaires.

Ce soir (22 juin), ce sera la soirée des présentations orales des étudiants.

 

Publié dans Stage | Laisser un commentaire

C’est la fin….ou presque ?

La période de stage tire déjà à sa fin… Au début de cette aventure, j’étais VRAIMENT stressée à l’idée de me retrouver seule dans un environnement et avec des gens que je ne connais pas pour une période qui me semblait être SI longue ! Huit semaines, ce n’est pas rien quand même considérant que nous avons des sessions de 15 semaines d’école ! Maintenant que les huit semaines ont passées, j’ai l’impression qu’hier seulement je commençais l’aventure… Au cours de ce périple, j’ai appris de nouvelles méthodes et techniques, j’ai vues plusieurs nouveaux équipements, j’ai rencontrée des gens super sympathiques et j’ai eu la chance de voir concrètement ce qu’est le travail d’un technicien de laboratoire en assurance qualité. Je suis maintenant beaucoup plus à l’aise de travailler avec les 1001 formulaires et je connais bien ma petite routine, c’est surement pourquoi la laiterie m’a offert un poste comme technicienne de laboratoire pour la période de l’été ! J’étais vraiment contente, car cela me confirme que je sais bien faire mon travaille ! Merci beaucoup à tous les gens de la technique de biotechnologies au cégep de l’Outaouais pour la magnifique formation que j’ai eu la chance de recevoir ! C’est maintenant que tout c’est effort porte fruit !

Publié dans Stage | Laisser un commentaire

Sprint final

Le sprint final

Nous disions la semaine dernière que des essais d’amplification PCR des nouveaux marqueurs ont été faits avec un autre type de Master Mix prêt à l’emploi (le Type-IT). Comme à l’accoutumée, la taille et l’intensité des bandes de produits PCR ont été sommairement appréciées sur gel d’agarose après électrophorèse. Les dits résultats se sont vus préciser par séquençage ABI. Les chromatogrammes sortis du séquenceur étaient à la hauteur de nos attentes. Les différents pics représentants les marqueurs recherchés étaient tous beaux, et bien identifiés à l’exception d’un pic apparu à 179 paires de bases alors qu’il était attendu à 177 paires de bases. Ces résultats prometteurs offrent un filon qui sera certainement exploité pour la suite des travaux d’enrichissement de la gamme de tests d’identification des variétés d’orge par les microsatellites. Il me plait, de saisir l’occasion que m’offre cette dernière publication sur notre blog pour remercier Docteur Marie-Claude Gagnon, et à travers elle, tous les membres de son équipe pour m’avoir si bien accueilli et dirigé pour mes travaux au sein de son unité.

Kodzo Apelete Amegah

 

Publié dans Stage | Laisser un commentaire

La visite de Véro!

Notre formidable superviseure de stage, Véronique Gaboury-Bonhomme, est venue nous faire une petite visite cette semaine. J’étais vraiment enthousiaste à l’idée de pouvoir lui montrer la petite famille qu’est la Laiterie de l’Outaouais! J’ai eu la chance de lui faire faire une petite visite guidée de l’usine, car comme je l’ai mentionné plus tôt, je termine souvent mes journées plus tôt puisque je termine mes tâches à l’avance. Je me souviens à quel point j’étais impressionnée la première fois qu’on m’a fait visiter l’usine!  Il y a tellement de portes et de grandes pièces partout, quand on y met les pieds pour la première fois, c’est à s’y perdre. Je crois bien que Véronique était contente de pouvoir voir tous les immenses réfrigérateurs (ce sont des pièces entières), les machines qui servent à la chaîne de production (remplir les sachets ou les contenants de plastiques avec les différents produits), notre petit laboratoire et, surtout, la chambre de réception du lait cru qui est, elle aussi, immense. En effet, cette pièce est constituée d’un grand espace vide où les camions-citernes se stationnent pour livrer le lait cru (le lait provenant des fermes, car nous n’avons pas de vaches à la laiterie), mais aussi de deux grandes portes qui ressemblent à des portes de sous-marin. Ces portes sont en fait des portes d’accès pour les grands silos qui contiennent le lait cru (nous recevons environ 30 000 litres de lait par jour!). J’aimerais avoir la chance de vous montrer tout cela. J’ai aussi aimé la visite de Véronique, car nous avons pu discuter de ce que je voyais dans le cadre de mon stage. C’est à ce moment que je me suis vraiment rendu compte que mon stage était très concret et appliqué.

Publié dans Stage | Laisser un commentaire

Diverses tâches

Dans le cadre de mon stage à la Laiterie de l’Outaouais, j’ai réalisé que les tâches d’un technicien ne se résument pas seulement aux tâches reliées au laboratoire. En effet, en tant que stagiaire, j’ai moins de tâches à réaliser que les vrais techniciens, mais même moi j’ai des tâches d’entretien à effectuer. Toutes les deux semaines, je dois vider et nettoyer le réservoir des eaux usées. En fait, un échantillonneur automatique prend des échantillons des eaux usées qui sortent de l’usine. Ces échantillons sont analysés à l’externe (je crois que cela est le cas, car je n’ai jamais entendu parler des tests reliés à ces échantillons). Toutefois, l’échantillonneur prend beaucoup d’échantillons. Afin d’éviter que celui-ci déborde, il faut alors le vider toutes les deux semaines. Il est aussi très important de rincer et de nettoyer le contenant d’échantillons (il peut contenir plusieurs litres) afin d’éviter de contaminer les futurs échantillons. J’ai aussi eu la chance de nettoyer et de calibrer des pipettes électroniques! Au début du stage, j’étais impressionnée par ces pipettes qui me semblaient si dispendieuses, mais grâce à Edwin, je suis maintenant apte à toutes les démonter. Comme les pipettes sont souvent en contact avec des matières grasses et collantes (le lait et la crème), il est important de les nettoyer chaque mois. Lors du nettoyage, toutes les composantes de la pipette sont démontées et nettoyées une à une (certaines composantes sont très fragiles) et le filtre qui se trouve à l’intérieur est changé. J’ai maintenant un outil de plus dans mon sac!

Merci à Edwin pour cette expérience!

Publié dans Stage | Laisser un commentaire

1.2.3.4.5 ?

La cinquième semaine? Déjà? Je ne sais pas si c’est parce que j’ai des semaines de trois jours à la Laiterie ou si c’est parce que je travaille 7 jours sur 7, mais je n’ai pas vu les dernières semaines filer. Avec toutes les nouvelles choses apprises et vues depuis le début de mon stage, j’ai oublié de vous parler du côté chimique des tâches que j’ai à effectuer. Comme mentionné auparavant, mes tâches sont routinières, mais je suis à l’aise de dire que la routine s’est bien installée. J’ai acquis beaucoup de rapidité et surtout beaucoup d’autonomie! J’ai même eu la chance de terminer plus tôt mardi et mercredi, ce qui m’a permis de prendre un peu de repos. En après-midi, comme mentionné auparavant, j’effectue les tâches chimiques. Les tests chimiques consistent surtout en l’analyse des pourcentages de gras des différents produits fait à l’usine. Chaque après-midi, je dois faire la tournée des réfrigérateurs qui se trouvent un peu partout dans l’usine (réception du lait cru, laboratoire de microbiologie et réception) pour prendre les températures en note dans un registre. Par la suite, je dois aller dans le grand réfrigérateur (il comporte trois pièces) pour aller prendre les températures des quatre thermomètres se trouvant dans ses différentes pièces. C’est dans ce réfrigérateur que se trouve l’ensemble des produits. Je dois aussi rendre disponibles (ranger dans le cartable approprié) tous les registres quotidiens de conditionnement. Ces registres permettent de savoir exactement ce qui a été produit au cours de la journée. Le lundi ainsi que le mercredi, je dois envoyer un échantillon de lait cru reçu la journée même à Valacta qui effectuera les analyses externes, comme vu dans le cadre du cours d’assurance qualité. Les résultats sont, par la suite, comparés aux résultats que nous avons trouvés lors des analyses internes. Je suis aussi responsable de l’analyse de la teneur en gras des produits au jour 0 et du lait cru. Ces analyses se font à l’aide de l’instrument LactoFlash qui est très simple et très rapide à utiliser! Par contre, je dois utiliser la méthode Babcock afin d’analyser la teneur en gras de la crème 35% et 10%. Ces analyses (crème 35% et 10%) se font, habituellement, les mercredis. J’utilise aussi la méthode Babcock tous les jours afin d’analyser la teneur en gras des bacs de crèmes en vrac (de la crème crue) qui sont envoyés chez les aliments Lebel (où ils font de la crème glacée). J’ai aussi d’autres petites tâches diverses de nettoyage et d’entretien qui se trouveront dans un autre article!

Bien que j’aie plusieurs tâches diverses, elles font maintenant partie de ma routine puisque j’ai été bien accompagné depuis le début de mon stage. Souvent, je suis même  capable de terminer un peu d’avance et de faire quelques tâches pour le lendemain, quand le temps le permet.

Publié dans Stage | Laisser un commentaire

1/2

Et oui, la moitié du stage est déjà terminée! Comme mon stage n’est pas rémunéré, je suis à la Laiterie de l’Outaouais seulement du lundi au mercredi, ce qui me fait de très courtes semaines de stage. Toutefois, cette semaine, à cause du jour férié, je n’avais que deux journées de stage (mardi et mercredi). Comme la laiterie a plusieurs clients qui ne ferment pas nécessairement leurs portes lors des jours fériés, il était primordial qu’une production MASSIVE se fasse le mardi afin d’éviter d’accumuler du retard pour les commandes du reste de la semaine. C’est pourquoi ma journée du mardi a été assez mouvementée! En effet, je devais faire tous les tests habituels du mardi en plus de faire tous ceux qui devaient être faits le lundi. Chaque jour, des tests en « fin de code » sont réalisés. Ces tests sont des tests microbiologiques et sensoriels faits sur le lait après la date de péremption. Pour ce faire, chaque jour de production (journée où du lait est produit, soit du lait 1%, 2%, 3.25%, etc.), un échantillon de chaque type de lait produit est entreposé au frigidaire pour être analysé 35 jours plus tard (la journée d’analyse peut varier pour chaque type de lait, par exemple le lait au chocolat est analysé au jour 18). J’avais donc toutes les analyses en fin de code du lundi, du mardi ainsi que toutes les analyses de lait produit au jour 0 à faire ladite journée. Heureusement que nous étions déjà à notre quatrième semaine de stage, car j’avais acquis un peu plus de rapidité, ce qui m’a permis de tout terminer mes analyses et même de terminer ma journée avec quelques minutes d’avance. J’étais vraiment fière de moi! Le mercredi était aussi une journée assez différente. En effet, habituellement, il n’y a pas de production le mercredi, car c’est la journée où les équipements sont nettoyés à fond, inspectés et préparés pour la prochaine production. Cette semaine, il fallait rattraper la journée du lundi alors, exceptionnellement, il y a eu de la production. Normalement, je passe la journée du mercredi en chimie, alors je n’avais pas beaucoup d’analyses microbiologiques à faire et j’ai pu suivre ainsi qu’aider Edwin (le chimiste qui me supervise) tout au long de la journée. La semaine a été un peu différente, ce qui, personnellement, m’a fait un grand bien, car j’aime rencontrer des petits défis supplémentaires, de temps à autre.

Merci à toute l’équipe de la Laiterie de l’Outaouais de toujours être si aimable avec moi et de m’accompagner dans toutes les étapes de mon stage!

Publié dans Stage | Laisser un commentaire

Avant-dernière semaine de stage.

Avant-dernière semaine de stage

Plus qu’une semaine encore et notre fabuleuse aventure au laboratoire génobotanique de l’Agence canadienne d’inspection des aliments à Fallowfield passera à l’histoire. Nous avions pourtant décidé il y a quelques jours de ne pas penser à la fin, ceci pour nous octroyer les moyens de savourer pleinement le restant de notre séjour en milieu professionnel. Au début de cette semaine du 6 juin, une expérience que nous pouvons appeler « test de vérité » a été faite avec notre première des deux nouvelles paires d’amorces combinées au panel d’amorces anciennes (Set A) sur pas moins de 48 échantillons déjà testés avec ledit panel d’amorces de par le passé. Vous comprenez aisément dès lors pourquoi cette expérience est un test de vérité de si grande importance. Il s’est agi de vérifier, grandeur nature, si l’optimisation d’amplification des marqueurs obtenue avec nos nouvelles amorces marche aussi sur d’anciens échantillons. Les indices des bandes, vus sur le méga-gel d’électrophorèse qui a suivi témoignaient visiblement d’une amplification réussie. On notait néanmoins sur les chromatogrammes résultant du séquençage que les nouveaux marqueurs, quoique présents, avaient de très faibles amplitudes et cette faiblesse des signaux semblait régulièrement régresser dans les tubes chargés à la fin de la manipulation, juste avant le démarrage du PCR. Nos cerveaux se sont une fois encore mis au travail pour comprendre pourquoi les signaux des nouveaux marqueurs étaient si faibles et suivaient une telle progression. Nous avions fini par admettre que ces résultats pourraient être causés par une mauvaise homogénéisation du Master Mix au cours de la préparation des tubes de PCR. C’est la raison pour laquelle la décision a été prise d’essayer un autre Master Mix qui a fait ses preuves, et est régulièrement utilisé avec succès sur du blé et du soja (le Type-it). Cette expérience se ferait avec un nombre moins élevé d’échantillons. Ce Master Mix présente la particularité d’être un mélange prêt à l’emploi, et contenant tous les ingrédients y compris les tampons, l’agent chélateur : le chlorure de magnésium, les nucléotides, et la polymérase. Une fois de plus, les signes avant-coureurs d’une bonne amplification par PCR ont été relevés par les tailles des bandes d’ADN observées sur le gel après électrophorèse. Mais seulement, ces résultats seront-ils confirmés par le séquençage ABI la semaine prochaine ? La suite peut-être, mais malheureusement pas la fin de l’épilogue de notre projet de recherche, au cours de notre prochaine et dernière semaine de stage à Fallowfield.

Kodzo

Publié dans Stage | Laisser un commentaire

Étape 5 : L’analyse des résultats

Tous les résultats sont maintenant entrés dans la base de données et il ne reste que les visualisés à l’aide d’un arbre phylogénétique. Les résultats sont importé dans un programme appelé BioNumerics. Ce programme permet de sélectionné les résultats pour faire l’arbre phylogénétique et compare tous les résultats de chaque échantillon. Maintenant, le moment de vérité est de  savoir si les 15 amorces utilisées permettent de trouver des génotypes différents pour la majorité des échantillons. Mon superviseur a créé un arbre version simplifié soit un échantillon de chaque variété pour me permettre de comprendre le principe. Dans mon projet sur les 7 semaines j’ai fait 206 variétés !!!  Pour la critique scientifique, 4 échantillons posent un problème pour le futur parce qu’ils ont les mêmes génotypes dont  certains sont des duplicatas et d’autre non. Il faut vérifier alors si ce n’est pas une erreur humaine, une erreur dans le nom ou simplement que les deux variétés sont identique. Il est possible que les deux variétés soit pareil parce qu’ils proviennent tous du Canada, mais il faudra étudier de plus près ces deux variétés soit à l’aide d’amorce différents de ceux utilisé ou tout simplement l’ACIA  fasse  pousser des semences dans leurs champs. Même si l’ADN est identique  les plantes auront des traits phénotypiques différents. Plus de détails seront fourni lors de la présentation.

Merci beaucoup à tout le monde pour avoir suivi tous mes articles le long de mon projet.

Bonne fin de semaine à tous

Gisèle

Publié dans Stage | Laisser un commentaire

Élimination des « NR » de la base de données

Il faut  éliminer tous les cases qui contiennent des « NR » (No-results) de la base de données pour avoir la meilleur couverture du génome de chaque variété de soya pour les classés dans l’arbre phylogénétique. La base de données est observée pour tous les échantillons possédant des « NR » et 3 plaques ont été refaites la semaine passée soit une plaque pour chaque « Multiplex ». Mon superviseur a préparé ces plaques à partir des échantillons ADNg qui ont été conservé au congélateur à -20°C. J’ai refait les réactions de polymérase en chaîne et ensuite le séquençage. Malheureusement, il y avait beaucoup d’échantillons qui n’ont pas fonctionné. La raison peut être une des suivantes soit que les échantillons sont difficiles (contienne beaucoup d’huile qui diminue l’efficacité de l’extraction) ou parce qu’ils sont des « Nulls ». Les « Nulls » sont des échantillons qui ne fonctionnent pas avec les amorces ou le protocole établi. Ces échantillons vont suivre un protocole spécifique. Les échantillons qui ont fonctionné ont été ajoutés à la base de données. Le travail que j’ai compléter pendant ces 7 semaines n’est que la moitié du projet et la deuxième partie sera complété à l’aide d’une autre étudiante engagé au laboratoire. Elle aura une belle surprise 12 autres plaques à compléter !!

Gisèle

Publié dans Stage | Laisser un commentaire